18 oktyabr 1991-ci ildə Azərbaycan öz dövlət müstəqilliyini bərpa etsə də, onun başı üzərindən qara buludlar çəkilməmişdi. 

1991-ci il dekabrın 8-də Brest şəhəri yaxınlığındakı "Viskuli" iqamətgahında Rusiya Federasiyası, Ukrayna və Belarus respublikaları rəhbərləri Müstəqil Dövlətlər Birliyi yaradılması haqqında müqavilə bağladılar. "Belovejsk sazişi" adlanan bu müqavilədə SSRİ-nin artıq bir beynəlxalq hüquq subyekti kimi mövcudluğuna son qoyulduğu elan edildi.

Azərbaycan bu sazişə qoşulmasa da, xarici təhdidləri dəf etmək və daxildəki imperiyapərəst qüvvələri zərərsizləşdirmək məqsədilə 1991-ci il dekabrın 29-da ümumxalq səsverməsi keçirildi. Azərbaycan xalqı yekdilliklə respublikanın dövlət müstəqilliyinə tərəfdar çıxdı.

Xalqın iradəsi ilə dövlət müstəqilliyini bərpa etmiş Azərbaycan Respublikasında çox mürəkkəb vəziyyət hökm sürürdü.

Müstəqil Azərbaycanın dövlət rəmzləri qəbul edildi. Azərbaycan Respublikasının müstəqilliyinin dünya dövlətləri tərəfindən tanınması prosesi sürətləndi. 1992-ci il martın 2-də Azərbaycan Respublikası Birləşmiş Millətlər Təşkilatına üzv qəbul olundu. Bakı şəhəri paytaxt kimi bir daha təsbit edildi.

Lakin Sovetlər dönəmindən Ermənistanın Azərbaycana qarşı ərazi iddiası kimi meydana çıxan Dağlıq Qarabağ problemi müstəqil Azərbaycana miras qalmışdı. Əvvəlcə SSRİ, sonralar isə Rusiya hərbi qüvvələrinin köməyi ilə ermənilər Dağlıq Qarabağda irimiqyaslı hərbi əməliyyatlar keçirmiş, bir sıra əlverişli strateji mövqeləri tutmuş, azərbaycanlıları öz torpaqlarından qovub çıxarmağa başlamışdılar. 1991-ci ilin sentyabrında Dağlıq Qarabağda qeyri-qanuni bir qurum - Dağlıq Qarabağ Respublikası yaradıldı. Buna cavab olaraq Azərbaycan Respublikasının Ali Soveti 26 noyabr 1991-ci ildə Dağlıq Qarabağ Muxtar Vilayətini ləğv etmək haqqında qanun qəbul etdi.

Azərbaycan Respublikasının Ali Soveti 1991-ci il oktyabrın 9-da "Azərbaycanın milli özünümüdafiə qüvvələri haqqında" qanun qəbul etdi. Nizami ordu yaratmaq əvəzinə rayon və şəhərlərdə özünümüdafiə batalyonları yaradıldı. Dağlıq Qarabağın azərbaycanlı yaşayış məntəqələri bir-birinin ardınca erməni silahlı qüvvələri tərəfindən işğal edilirdi. Bütün bunlar paytaxt Bakıda vəziyyəti gündən-günə gərginləşdirirdi. 1992-ci il fevralın 25-dən 26-sına keçən gecə XX əsrin ən böyük faciələrindən biri hesab edilən Xocalı soyqırımı törədildi. Bundan sonra Bakıda vəziyyət daha da gərginləşdi, mitinqlər dalğası yenidən başladı. Xalqın tələbi ilə prezident Ayaz Mütəllibov istefa verməyə məcbur oldu.  

1992-ci ilin mayında Şuşanın və Laçın rayonunun işğalı Bakıda vəziyyəti daha da gərginləşdirdi. Yenidən hakimiyyət dəyişikliyi baş verdi. Azərbaycan Xalq Cəbhəsı hakimiyyətə gəlsə də, ölkədə hökm sürən anarxiyanın qarşısı alınmadı. Fürsətdən istifadə edən Ermənistan ordusu 1993-cü il aprelin 3-də Kəlbəcər rayonunu işğal etdi. 

Gəncədə baş qaldıran 1993-cü il iyun qiyamı vəziyyəti daha da ağırlaşdırdı. Surət Hüseynova tabe olan 709 saylı hərbi hissə Müdafiə Nazirliyinə tabe olmurdu. İyunun 4-də səhər hərbi qiyamı yatırmaq üçün hökumət Gəncəyə qoşun yeritdi və qardaş qanı töküldü. Hökumət qüvvələri məğlub edildi. Qiyamçı hərbi hissələr Bakıya doğru yeriməyə, prezidentin və hökumətin istefaya getməsini tələb etməyə başladılar və müqavimətə rast gəlmədən paytaxta yaxınlaşdılar. İyunun 14-də Navahı yaxınlığında ordular üz-üzə dayandı. Danışıqlar nəticəsində qiyamçıları Lökbatan yaxınlığında və Şamaxı yolunun 75 kilometrliyində saxlamaq mümkün oldu. Yaranmış vəziyyətlə əlaqədar parlamentin sədri, baş nazir, üç güc nazirliyinin rəhbərləri istefaya getməyə məcbur oldular.

Ölkədə xarici qüvvələrin təhriki ilə parçalanma və separatçılıq prosesi yeni mərhələyə qədəm qoymuşdu. Bu vaxt polkovnik Əlikram Hümbətov cənub rayonlarında hakimiyyəti ələ almağa, “Talış-Muğan Respublikası” yaratmağa çalışırdı. “Ləzgistan dövləti” qurmaq xülyasında olan separatçı “Sadval” təşkilatının silahlı quldurları şimal-şərq bölgəsində təxribatlar törədirdi.

Başlanmış bu təhlükəli proseslərin qarşısını ala bilmədiyini dərk edən iqtidar son anda kömək üçün Naxçıvan Ali Məclisinin sədri Heydər Əliyevə müraciət etdi. O, xalqın və respublikanın hakim dairələrinin təkidli dəvətini qəbul edib iyunun 9-da Bakıya gəldi. Heydər Əliyev Azərbaycanda vətəndaş müharibəsini dayandırmaq üçün ciddi tədbirlər həyata keçirdi. İyunun 15-də Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikası Ali Sovetinin sədri seçildi. Bu gün Azərbaycan tarixinə Milli Qurtuluş günü kimi daxil olmuşdur. 1993-cü il oktyabrın 3-də Azərbaycan xalqı Heydər Əliyevi alternativ əsasda səs çoxluğu ilə Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçdi. Bununla da dövlət quruculuğunun yeni mərhələsi başlandı. 

1994-cü ilin sentyabrında dünyanın nüfuzlu neft şirkətlərinin daxil olduğu konsorsiumla imzalanmış "Əsrin müqaviləsi" Azərbaycana irihəcmli kapital qoyuluşuna və respublikamızın digər qlobal beynəlxalq iqtisadi layihələrdə iştirakına yol açdı.

Lakin ictimai-siyasi sabitliyin təmin olunması və dövlət quruculuğu yolunda atılan uğurlu addımlar eyni zamanda, öz cılız siyasi iddialarından əl çəkməyən müəyyən daxili səbatsız qüvvələri və onların xarici havadarlarını da hərəkətə gətirdi. Azərbaycanın milli mənafelərinə düşmən kəsilmiş həmin qüvvələr müstəqil dövlətçiliyimizə qarşı açıq çıxış etməkdən çəkinməyərək 1994-cü ilin oktyabrında və 1995-ci ilin martında qanunsuz silahlı dəstələrin iştirakı ilə dövlət çevrilişinə cəhdlər etdilər. Lakin çevriliş cəhdlərinin iflasa uğraması göstərdi ki, Azərbaycan dövləti artıq davamlı olaraq xalqın böyük əksəriyyətinin dəstəyinə arxalanır.

1995-ci il noyabrın 12-də müstəqil Azərbaycan Respublikasında ilk parlament seçkiləri keçirildi. Elə həmin gün referendum yolu ilə müstəqil Azərbaycanın ilk Konstitusiyası qəbul edildi.

Azərbaycan tədricən dinamik inkişaf yoluna qədəm qoydu. Bakının 1991-1995-ci illər təlatümlü və burulğanlı illəri arxada qaldı. Bakıda quruculuq, abadlıq işlərinə başlanıldı. Şəhərin siması tədricən yeniləndi və gözəlləşdi. Bu gün Bakı dünyanın ən inkişaf etmiş və gözəl şəhərləri ilə müqayisə edilir.