В XIII-XV вв. в Баку наряду с медресе при Шахской мечети дворца Ширваншахов действовала медресе Сейид Яхья. Основанная в Баку азербайджанским философом Сейидом Яхья Джалаладдином Бакуви (примерно 1410-62) высшая богословско-философская школа имела отделения в Барде, Тебризе и др. городах. В 40-х годах XVIII в. (после создания Бакинского ханства) увеличилось количество школ начального образования, в том числе школ и медресе, дающих более широкое образование. В первой половине XIX в. в Баку наряду с медресе функционировали также и русские начальные школы. В 1832 г. в Баку открылась первая уездная школа. В этой школе преподавание велось на русском языке, а азербайджанский язык преподавался как предмет. В 1849 г. в Баку было учреждено отличавшаяся от классических религиозных медресе учебное заведение нового типа – мусульманская школа. 

Женская школа, открытая в 1848 г. в Шемахе, в 1860 г. (по некоторым источникам в 1859 г.) была переселена в Баку. Учрежденная в 1865 г. первая среднеобразовательная школа – прогимназия в 1867 г. была преобразована в реальную гимназию, а в 1874 г. в 6-летнее реальное училище. В 80-е годы XIX в. в Баку для азербайджанских детей открылись русскоязычные школы. В 1874 г. в Баку была учреждена первая женская гимназия – «Мариинская женская гимназия». Частная 6-классная прогимназия А. Н. Победносцева (1891), Бакинская классическая мужская гимназия (1896), частная 4-х классная прогимназия И. А. Лаврова (1897), первая (1889) и вторая (1898) городские школы сыграли в конце XIX в. важную роль в развитии народного просвещения в Баку. В те же годы и в селах Сураханы (1880), Сабунчи (1883) и Балаханы (1896) открылись начальные школы. В этих школах преподавание велось на русском языке, в то же время прогрессивно мыслящая интеллигенция старалась вести преподавание на родном языке. Основанная в 1887 г. русско-татарская (русско-азербайджанская) школа стала шагом вперед в этой области. Несмотря на то, что в этих школах занятия проводились на родном языке, в преподавании также использовался и русский язык. С 1887 г. по 1901 г. было отрыто 10 школ. В конце XIX в. в Баку стали возникать ремесленные училища. Были открыты: Бакинский мореходный класс (1881; с 1905 г. Бакинское мореходное училище), Бакинское ремесленное училище (1888; с 1897 г. Бакинское низшее техническое училище, с 1905 г. Бакинское среднее техническое училище), школа земледелия и садоводства в Мардакянах (1896 г; была открыта за счет финансовых средств миллионера Г. З. Тагиева), «воскресная школа» (1896) для получения образования работающим мужчинам и женщинам. В конце XIX в. в 8 начальных школах рабочих районов Баку обучались 450 учащихся. В 1901 г. в Баку открылись коммерческое и первое железнодорожное училище и мусульманская женская школа, вошедшая в историю национального образования как «женская школа Г. З. Тагиева». В разные времена продолжительность обучения в этой школе составляло 4, 5 и 6 лет, в 1916 г. она была преобразована в высшую начальную школу, а затем в семинарию. В 1918 г. ее деятельность была прекращена. В начале XX в. в Баку функционировали традиционные религиозные начальные школы, несколько государственных начальных, средних общеобразовательных и технических школ, частные общеобразовательные и музыкальные школы, а также разные общеобразовательные и ремесленные училища, курсы грамотности, детские дома и т.д., открытые благотворительными обществами «Нашри-маариф» (1906), «Ниджат» (1906), «Саадат» (1907), «Шафа» (1910) и другими. 

В Баку в 1913 г. в школах обучалось 25 тыс. учащихся (в 92-х начальных школах - 15,5 тысяч, в 12 семилетних школах - 3,6 тысяч, в 11 полных средних школах - 5,9 тысяч) и работало 890 педагогов. В 1915 г. из действующих в Азербайджане 25 начальных школ 12, а из 21 высших начальных школ 9 (700 учащихся) находились в Баку. За 1913/14 учебный год в 3-х средних специальных школах, действующих в Баку, обучалось 500 человек. В 1914 г. в Сабунчи открылось Балаханское реальное училище. В 1919 г. решением правительства АДР в Баку было создано современного типа учреждение дошкольного воспитания. В Баку были открыты: находящийся на государственном обеспечении европейского типа детский сад при 1-й женской гимназии, 3 военных училища для подготовки юнкеров, унтер-офицеров и  в 1919 году Бакинский государственный университет.  

В 20-е годы XX в. частные школы были ликвидированы, для детей в возрасте 8-12 лет были созданы школы I ступени с 5-летним сроком обучения, для детей 13-17 лет школы II ступени с 4-летним сроком обучения. За 1921/22 учебный год в бакинских школах обучалось 29755 учащихся, а за 1940/41 учебный год количество учащихся достигло 133,4 тыс. Одним из важных достижений стало массовое привлечение в школу азербайджанских девочек. За 1923/24 учебный год в общеобразовательных школах Баку обучалось 1,9 тыс. девочек, а за 1938/39 учебный год - 20 тысяч. За 1922/23 учебный год в системе народного просвещения Баку работало 1336 педагогов, а за 1940/41 учебный год – 4768. 

В 1929-30 гг. были проведены важные работы по ликвидации безграмотности. В Баку примерно 26 тысяч человек были привлечены к курсам по ликвидации безграмотности. В Баку в организованных для пожилых людей 92-х школах за 1940/41 учебный год получили образование 15,5 тысяч человек. 

В Баку количество общеобразовательных школ увеличивалось, а количество начальных и неполных средних школ сокращалось. За 1960/61 учебный год из 226 школ 123, а за 1980/81 учебный год из 291 школ 219 были полными средними школами. Начиная с 50-х годов стали открываться группы продленного дня и школы-интернаты. В 1975 г. в Баку действовали 493 детских садов и яслей (57416 детей). За 1975/76 учебный год в городе действовало 284 общеобразовательных школ (235934 учащихся), 115 вечерних (посменных) школ и школ для пожилых людей (55319 учащихся), 48 учебных заведений по первичному профессиональному специальному образованию (27723 учащихся). В 27 школах средне-специального образования обучалось 39759 учащихся, в 13 высших учебных заведениях - 82530 студента. В 1975 г. действовали 33 детских спортивных школ, 2 станции юных натуралистов, 2 станции юных техников, туристическо-экскурсионная станция, детская железная дорога и др. внешкольные учебные заведения. За 1988/89 учебный год в 329 общеобразовательных школах, действующих в Баку, обучалось 272,5 тыс. учащихся, а за 1993/94 учебный год приблизительно в 290 общеобразовательных школах – примерно 280 тыс. учащихся.

После того, как в 1991 г. Азербайджан вновь приобрел независимость, были предприняты важные шаги в направлении построения содержания образования на основе принципов независимой государственности. Был совершен переход на одиннадцатилетнее обязательное общее среднее образование. Был принят новый закон «Об образовании». Решение «О переходе на бесплатное пользование учебниками учащихся средних общеобразовательных школ» было выполнено. Утвержденные распоряжениями главы государства Государственные программы по социально-экономическому развитию города Баку и его поселков наряду с другими областями, были направлены на развитие сектора образования, в том числе на строительство новых школ, капитальный ремонт и укрепление материально-технической базы школ. 

Восстановление государственной независимости превратило в необходимость реорганизацию системы образования на основе национальных традиций и общечеловеческих ценностей. В 1999 г. была утверждена Программа реформ в области образования Азербайджанской Республики. 

Согласно распоряжению Президента Азербайджанской Республики за № 1399 от 31 марта 2006 г. отделы образования города Баку были ликвидированы, а на базе Главного управления образования города Баку было создано Управление образования по городу Баку, находящееся в непосредственном подчинении Министерства образования Азербайджанской Республики.

В 2016-2017 учебном году в Баку был создан Азербайджано-Французский университет (UFAZ). Выпускникам UFAZ будет выдан двойной диплом (Страсбургского Университета и Азербайджанского Государственного Университета Нефти и Промышленности). В 2016-2017 учебном году состоялась торжественная церемония открытия Бакинского филиала Первого Московского государственного медицинского университета имени И. М. Сеченова. 
 
Государственные и негосударственные очные общеобразовательные учебные заведения по городу Баку и районам к началу 2020/2021 учебного года
(Сведения Управления статистики города Баку)

*за исключением специальных школ для детей с ограниченными возможностями