1905-ci ildə Rusiyada hakimiyyət əleyhinə üsyanların və iğtişaşların baş verməsindən və çarizmə qarşı narazılıq dalğasının güclənməsindən istifadə edən ermənilər Cənubi Qafqazın müxtəlif bölgələrində, o cümlədən də Bakı şəhərində kütləvi qırğınlar törətmişlər. Bakıda bu işə rəhbərliyi “Hnçak” və “Daşnaksutyun” partiyaları öz üzərlərinə götürmüşdü. XX əsrin əvvəllərində erməni şovinizminin, millətçi erməni partiyalarının maddi və mənəvi qida mənbəyi rolunu isə əsasən erməni kilsələri, o cümlədən də Bakının mərkəzində yerləşən erməni qriqorian kilsəsi oynayırdı. 12 iyun 1903-cü ildə erməni kilsələrinə məxsus torpaqların və mülkiyyətin Rusiya Torpaq və Əmlak Nazirliyinin sərəncamına keçirilməsi haqqında çıxarılan qanun kilsənin maliyyələşdirdiyi siyasi partiyaların və onların terrorçu dəstələrinin maddi vəziyyətinə ağır zərbə vurmuşdu. Həmin qanunun icrasının qarşısını almaq məqsədilə erməni siyasi partiyalarının terrorçu dəstələri hakimiyyət mənsublarına qarşı terror aktları həyata keçirməyə başlamışdılar. Ermənilər həmin ilin avqust ayında Cənubi Qafqazın müxtəlif şəhərlərində, o cümlədən də Bakıda iğtişaşlar törətmiş və terror aktları həyata keçirmişdilər.  

1905-ci ilin fevralın 6-da Bakıda erməni terrorçuları tərəfindən Sabunçu kəndinin sakini Ağarza Babayevin öldürülməsi ilə başlanan erməni-müsəlman qırğınları bəzi müəlliflərin iddia etdikləri kimi, bir təsadüf nəticəsində deyil, məhz bütün Qafqazın varlı ermənilərinin zaman-zaman cəm olduqları bir şəhərdə planlı şəkildə baş vermişdi. Ermənilər Bakıda erməni milyonerlərinin köməyi ilə istədiklərinə nail olacaqlarına, Bakının neft səltənətini əllərinə keçirəcəklərinə və bundan sonra bütün Cənubi Qafqazdan müsəlmanları silah gücünə qovub, erməni dövləti yaradacaqlarına əmin idilər. 1905-ci il fevralın 6-da Sabunçu qəsəbəsinin sakini Ağarza Babayevin Bakının mərkəzində öldürülməsi ilə şəhərdə və ətraf qəsəbələrdə ilk qırğınlar başlamışdır. Ermənilərin evlərinin damından, pəncərələrindən küçədən keçən azərbaycanlılar gülləbaran edilirdi. Evlər, mağazalar qarət edilir və yandırılırdı. Bakıdakı bir çox fabriklər və müəssisələr yandırılıb dağıdıldı. Hakimiyyət orqanları qırğınların dayandırılmasında acizliyini göstərdi. Bakı qırğınlarının səbəb və nəticələrini araşdıran Rusiya Senatının üzvü Aleksandr Kuzminski 6-9 fevral tarixlərində baş vermiş birinci Bakı qırğınları zamanı 232 nəfərin qətlə yetirildiyini, onların da yarıdan çoxunu ermənilərin təşkil etdiyini yazır. Hər iki tərəfdən yüzlərlə insanın ölməsi və yaralanması ilə nəticələnən qırğınlar fevralın 9-da dayandırılmışdı. 

Bakının general-qubernatoru knyaz Nakaşidze açıq surətdə bəyan etmişdi ki, iğtişaşların törədilməsində azərbaycanlılar yox, ermənilər təqsirkardırlar. Məhz onun bu mövqeyinə görə, “Daşnaksutyun” partiyası Nakaşidzeni terror yolu ilə aradan götürmək barədə qərar qəbul etmişdi. Bu barədə onun özü də xəbərdar edilmişdi. 1905-ci il mayın 11-də gündüz saat 3-də erməni kilsəsinin yaxınlığında, Parapet bağı (indiki Fəvvarələr meydanı) ilə Voronsov (indiki Mirzə İbrahimov)  küçəsinin kəsişdiyi yerdə hərəkət edən Bakının general-qubernatoru knyaz Mixail Nakaşidzenin faytonuna ermənilər bomba atırlar. Nakaşidze ağır yaralanır və mayın 18-də ölür. Terror aktı zamanı Nakaşidzenin yavəri və həmin vaxt hadisə yerindən təsadüfən keçən iki azərbaycanlı da həlak olurlar. Partlayışa görə məsuliyyəti “Daşnaksutyun” partiyasının Mərkəzi Komitəsi öz üzərinə götürmüşdü.

Terror aktları zamanı istifadə etmək üçün Bakıda ermənilərə məxsus zavod və fabriklərdə partlayıcı maddələr və bomba istehsal edilirdi. Nakaşidzenin öldürülməsindən sonra polis şəhərdə ermənilərə məxsus idarə-müəssisələrdə axtarışlar aparmışdı. Polis tərəfindən 19 may 1905-ci ildə Bakıdakı Telefonnaya küçəsindəki Sarkis Poğosbekovun metaləritmə emalatxanasında partlayıcı mərmilər və 80 hazır bomba aşkar edilmişdi. Həmçinin həmin emalatxananın həyətində qazılmış xəndəkdə daha üç partladılmaya hazır bomba tapılmışdı.       

Ermənilər həmin il avqustun 20-də Bakıda ikinci dəfə qırğınlar törətmişdilər. Şəhərin mərkəzində yerləşən erməni kilsəsinin zənginin çalınmasından bir neçə dəqiqə sonra ermənilərin evlərindən, onlara məxsus mağazalardan azərbaycanlıların üzərinə sel kimi atəş açılır. Qısa zamanda iğtişaşlar Bakı ətrafındakı qəsəbələri və neft mədənlərini də bürüyür. Hakimiyyət qüvvələrinin ələ aldığı ciddi tədbirlər sayəsində qırğınlara avqustun 30-da son qoyulur. İkinci qırğınlar zamanı hər iki tərəfdən 500-ə yaxın insan tələf olmuşdu ki, onların da üçdə ikisini müsəlman-türk əhali təşkil edirdi. Avqustun 23-25-də Bakının neft mədənlərində və zavodlarında baş vermiş dəhşətli yanğınlar minlərlə fəhləni işsiz, onların ailələrini çörəksiz qoymuşdu. 1905-ci il sentyabrın 10-da ermənilər və azərbaycanlılar arasında barışıq yaratmaq məqsədilə Qafqaz canişini Voronsov-Daşkov Bakıya gəlir. Sentyabrın 14-də şəhərdə sülh bərpa olunur. Şəhərin Duma meydanında quberniya qazısı Mir Məhəmməd Kərim ağa Mircəfərzadə, erməni keşişi və müvəqqəti general-qubernator S.Fadeyev xalqa müraciətlə çıxış edərək onları sülhə çağırırlar. Danışıqlar aparmaq üçün hər iki tərəfdən nüfuzlu şəxslərdən ibarət xüsusi komissiya yaradılır. Lakin bu sakitlik çox da uzun sürmür. 

Bakıda üçüncü qırğınlar 1905-ci il 20-25 oktyabr tarixində baş vermişdir. 17 oktyabr çar Manifestinin imzalanmasından iki gün sonra - Nakaşidzeni öldürən 5 erməni məhbusunun azadlığa buraxılması üçün “Daşnaksutyun” partiyasının təşkilatçılığı ilə oktyabrın 19-da Bakının mərkəzində mitinqlər keçirilir. İndiki Nizami (keçmiş Torqovaya) küçəsində ermənilərlə müsəlmanlar arşında yenidən silahlı toqquşma baş verir. Yenə də erməni evlərindən və mağazalarından azərbaycanlılar atəşə tutulur. Qəzəblənmiş müsəlmanlar əks hücuma keçir. Erməni terrorçularının cəbbəxanaya çevirdikləri 20-dən artıq erməni evi yandırılır. Sonrakı günlərdə iğtişaşlar Bayıl qəsəbəsində və mədənlərdə davam edir. Güc strukturlarının kəskin müdaxiləsi ilə qırğınlar dayandırılır. Bu zaman şəhərdə 60-dan artıq, Bayıl qəsəbəsində isə 35 nəfər qətlə yetirilir. 

Erməni tədqiqatçısı A. Lalayanın yazır ki, Qafqazın canişini İllarion Vorontsov-Daşkovun xanımı Yelizaveta Qriqoryevna “Daşnaksutyun” partiyasının Tiflis bürosunun rəhbərlərindən biri yepiskop Mesropun məşuqəsi idi və Qafqaz Canişinliyinin ermənilərin mənafeyi ilə bağlı qərarları canişinin yataq otağında hazırlanırdı. Bir müddət sonra ermənilərin mənafeyinə xidməti müqabilində Vorontsov-Daşkov Balaxanıda neft mədənlərinə sahib olmuşdu. Bu layihənin “Fotoqalereya” bölməsində erməni milyonerlərinin Vorontsov-Daşkova hədiyyə etdikləri neft mədəninin fotosu təqdim edilir. 1906-cı ilin payızında azərbaycanlıların təşkilatlanaraq “Difai” partiyasını yaratmaları nəticəsində ermənilər terror aktlarına müvəqqəti olsa da son qoymuş və 1918-ci ilin mart ayınadək şəhərdə asayiş bərpa edilmişdi.